Świątynia znajduje się w bliskim pobliżu inowrocławskiego Rynku. Powstała w połowie XIII w. z fundacji założyciela miasta Inowrocławia, księcia Kujaw Kazimierza Konradowicza. Jak na owe czasy była ona drewniana. Pierwszy kościół spłonął w 1259 roku na skutek najazdu księcia Świętopełka. Odbudowana w tym samym miejscu świątynia przetrwała dwa wieki i najprawdopodobniej także była drewniana.

10 lutego 1321 roku w ówczesnej farze, arcybiskup gnieźnieński Janisław ogłosił wobec delegatów polskich i krzyżackich wyrok papieża Jana XXII skazujący zakon na zwrot Polsce zagrabionego Pomorza oraz zapłacenie odszkodowania w sumie 30 tys. grzywien i kosztów procesu. Kilkadziesiąt lat później, w 1397 roku królowa Jadwiga pertraktowała z  Konradem von Jungingen w sprawie pokojowego zlikwidowania sporu.

W 1410  roku Inowrocław został doszczętnie zniszczony podczas najazdu Krzyżaków. Z powierzchni ziemi zniknął także kościół pw. św. Mikołaja. W ramach odbudowy wzniesiono w cegle trzynawową farę w stylu późnogotyckim.

Z czasem kościół zaczął się rozpadać. Jego gruntowną restaurację przeprowadzono w 1765 roku. Nadała ona wnętrzu znamiona stylu barokowego. Jedynie zakrystia zachowała dawny styl gotycki z ostrołukowym sklepieniem, gwiaździsto-krzyżowym, choć na zewnątrz nadano jej rysy renesansowe. Mury podparto gotyckimi szkarpami.

22 maja 1775 roku społeczeństwo miasta i całych Kujaw, na mocy traktatu pierwszego rozbioru Królestwa Polskiego złożyło hołd wierności królowi pruskiemu Fryderykowi II. W czasach, kiedy Polskę i jej naród nękały kolejne rozbiory inowrocławską farę pozbawiono kościelnego charakteru. W 1779 roku Prusacy zamienili ją na składnicę soli. Z kolei w czasach wojen napoleońskich fara służyła jako magazyn żywności. W takiej sytuacji następował szybko proces niszczenia.

Służbę Bożą przywrócono w kościele po gruntownym odnowieniu wnętrza w latach 1820 – 1828. W ramach dalszej restauracji w połowie XIX w. odmalowano wnętrze, zamieniono gotyckie okna na barokowe, do frontonu dobudowano trzy zębate szczyty. Zabiegi konserwatorskie z końca XIX w. dały dalszą wewnętrzną odnowę - nowe organy i pokrycie w podwójnej dachówce. Ostatnia restauracja z 1928 roku utrzymała wnętrze w stylu barokowym z obecnym rozmieszczeniem ołtarzy: główny – św. Mikołaja, boczne – św. Krzyża, Matki Boskiej Boreckiej, Rodziny NMP (św. Anny) z obrazem św. Józefa, Matki Boskiej Różańcowej z zasłoną Najświętszego Serca Pana Jezusa, Zwiastowania NMP, św. Antoniego.

Z pewnością, jedną z największych ciekawostek związanych z kościołem jest fakt, iż od 18 lipca 1941 roku do końca II wojny światowej, pod posadzką zakrystii, ukrywane były relikwie św. Wojciecha. Relikwie przewiózł z Gniezna - od księdza Edwarda van Bleriqa (wikariusza generalnego archidiecezji gnieźnieńskiej), do ks. Paula Mattauscha (proboszcza fary inowrocławskiej), Urban Thelen – podoficer Wehrmachtu.

Najnowszym elementem fary są wykonane z brązu drzwi jubileuszowe, czyli Porta Aurea. To symboliczne wejście do kościoła farnego w Inowrocławiu, poświęcone przez prymasa Polski, arcybiskupa Wojciecha Polaka 1 maja 2021 roku. Wejście składa się z siedmiu elementów, w tym tympanonu.

W tympanonie umieszczono wizerunek Chrystusa Ukrzyżowanego wzorowany na najstarszym zabytku fary, czyli XIV-wiecznej gotyckiej rzeźbie z ołtarza Krzyża Świętego, ponadto upamiętnieni są wielcy Kujawianie − ochrzczony w tej świątyni Jan Kasprowicz oraz  prymas kardynał Józef Glemp,. Widoczny jest gmach najstarszej inowrocławskiej szkoły średniej, której obydwaj są wychowankami.

Kolejne elementy opowiadają historię: założenia miasta, wyroku w procesie papieskim o Pomorze Gdańskie, pobytu Władysława Jagiełły, rozwoju miasta w ósmej dekadzie XIX wieku, walkę z germanizacją, pierwszy dzień wolności. 

Kościół poza godzinami, w których odbywają się msze św. jest zamknięty. Można tylko wejść do przedsionka. Na wprost do świątyni znajduje się mural z wizerunkiem założyciela Inowrocławia, księcia Kazimierza Konradowica.

Fot. J. Bejma