W 1438 roku wzmiankowany jest tutaj Wincenty z Głembokiego, w 1445 roku – Trojan, w 1557 roku – Wawrzyniec i Mikołaj. Ród przez czasy I Rzeczpospolitej odgrywa istotną rolę na Kujawach. Warto wymienić kilku przedstawicieli: Andrzeja Głębockiego (zm. 1735), starostę brzeskiego i nieszawskiego, jednego z przywódców konfederacji warszawskiej (1704), wreszcie wojewodę rawskiego i uczestnika konfederacji generalnej warszawskiej (1733). Jego potomek – Józef Głembocki (zm. 1780) to z kolei kasztelan kruszwicki, rotmistrz chorągwi pancernej, dwukrotny poseł na sejm, członek rady konfederacji radomskiej (1767). Jego syn – Antoni był konfederatem barskim, co dla samej wsi dobrze się nie skończyło, gdyż ucierpiała na kwotę 200 000 złotych. Wodzem był też kłótliwym i nieudolnym – poniósł porażki pod Kcynią, Kutnem czy Turkiem.

Pod koniec XVIII wieku po ślubie z Magdaleną Głębocką, wieś staje się własnością Walentego Zaborowskiego. Jego córka Konstancja w 1829 roku wyjdzie z kolei za Nikodema Jeżewskiego – szambelana pruskiego z Topolna.

Po śmierci Jana Jeżewskiego, posiadłość objął jego bratanek Dominik Witke-Jeżewski (1862-1944). Dał się poznać jako dobry gospodarz, ale nie pieniądze były jego celem. Jak pisano: - Dziedzic Głembokiego (…) postanawia przed laty piętnastu w sztukę stanowczo i niepodzielnie przelać życie swoje całe. 

Wikte-Jeżewski jest gorliwym kolekcjonerem, kupuje obrazy, ale przede wszystkim ryciny. W czasie swojej bytności w Głębokim często wyjeżdża, aby pozyskiwać nowe zbiory grafik. W samej wsi powstaje najprawdziwsze muzeum, do którego pielgrzymują miłośnicy sztuki z całej Polski. Pod koniec XIX wieku Głębokie miało 18 domów, 346 mieszkańców (9 ewangelików). W skład majątku wchodziły także Maszenice.

W 1912 roku Witke-Jeżewski musiał sprzedać Głębokie, gdyż zgodnie z nowym prawem jako poddany rosyjski nie mógł posiadać ziemi w Niemczech. Mimo zakusów Komisji Kolonizacyjnej, udaje mu się znaleźć kupca-Polaka hrabiego Stefana Twardowskiego. Środki uzyskane ze sprzedaży Głębokiego Dominik Witke-Jeżewski przeznacza na rzecz Towarzystwa Przyjaciół Sztuk Pięknych w Poznaniu. Później nasz bohater przekaże swoje zbiory m.in. Muzeum Narodowemu w Warszawie. Dzieła, które ponad 100 lat temu wisiały na ścianach pałacu w Głębokim, dziś stanowią podstawę krajowej kolekcji grafik. W 1938 roku Dominik Witke-Jeżewski otrzymał krzyż komandorski Orderu Odrodzenia Polski.

Hrabia Stefan Twardowski postawił w Głębokim nowy, okazały pałac, a także zadbał o modernizację wsi. W 1939 roku właściciel Głębokiego został aresztowany i wraz z rodziną osadzony w Gniewkowie. Tam rodzinie pomagała, przekazując paczki, Zofia Andrzejewska – gospodyni z Głębokiego, która została później za to wysłana do obozu w Żabikowie, gdzie zmarła. Następnie na skutek interwencji niemieckiej części rodu, Twardowscy znaleźli się u niej w Bawarii, gdzie spędzili trzy lata. Odmówili podpisania Volkslisty i tym samym zostali wysiedleni do Generalnego Gubernatorstwa.

Do 1943 roku Głębokie pozostawało w zarządzie III Rzeszy. We wspomnianym roku stało się prywatną własnością Heinza Guderiana. Słynny niemiecki generał, twórca blitzkriegu, objął Głębokie w roku 1943. Guderian za swoją lojalność wobec Fuhrera mógł wybrać dowolny majątek w Wielkopolsce. Za Głębokim przemawiała nie tylko malownicza okolica, ale też ogromny obszar uprawny wynoszący wówczas 947 ha.

Rodzina generała opuszczała wieś w pośpiechu: - Moja żona opuściła nasz majątek w Głębokiem w Warthegau na pół godziny przed wybuchem pierwszych pocisków (…). Wszystko co z naszego dobytku ocalało od bomb w Berlinie we wrześniu 1943 roku, zostało porzucone na łaskę losu - czytamy we „Wspomnieniach żołnierza” H. Guderian. (Warszawa 2008).

Wiosną 1946 roku utworzono we wsi Zakład Doświadczalny Roślinny zarządzany przez Pomorską Izbę Rolniczą. Po jej likwidacji właścicielem jest Związek Samopomocy Chłopskiej, a następnie Państwowy Instytut Naukowy Gospodarstwa Wiejskiego, który 1 kwietnia 1948 roku uruchamia Zakład Doświadczalny. Na jego majątek składa się 540 ha (490 ornych). Stan budynków gospodarczych i administracyjnych (a więc i pałacu) w tym czasie określa się z małymi wyjątkami w stanie dobrym. Po kolejnych przekształceniach utworzono tu Stację Hodowli Roślin.

Dziś w Głębokim oprócz pałacu warto zwrócić uwagę na dobrze zachowany park z kompleksem wodnym. Poza tym zachowała się kaplica, szkoła, zabudowania gospodarcze i mieszkalne z początku XX wieku.